军机章京升迁的机会多，在科举考试中更是突出。历年科举考试中，军机章京问鼎者较多，以致当时有“历科鼎甲皆为军机处所占”之说。乾隆二十五年会试的状元毕沅、榜眼诸桐屿，都是军机章京。到了乾隆二十六年，恰逢恩科，第一名是江南赵翼，第二名是浙江胡高望，第三名是陕西王杰，第一名、第二名又是军机章京。乾隆就将第一名赵翼与第三名王杰置换。军机章京之所以在科举考试中屡屡高中，是因军机处所处理事务关系时政。在八股考试之中，经过军机处浸染多年，通达政事，熟谙公文，又具文采的军机章京们自然容易高中。此外，因军机章京长期在中枢，贴近皇室，升迁的机会也更多。
自创设后，军机处对保密工作格外重视，如规定军机处工作人员不得与各部臣僚来往，在军机处服务的仆役均选不识字的少年担任，对公文也严加管理，不得私自带出。军机处直庐为禁地，虽王公大臣，未奉旨也不得擅入。
但军机处在人事制度上的弊端，决定了很难避免泄密。军机章京都是兼职，从各部选调得力人员进军机处，称“入直”。但军机章京仍须处理原衙门的事务。如军机章京程焘，原先是兵部主事，调入军机处后也得办理兵部事务，经常不来军机处值班。傅恒很恼火，抱怨程焘经常不来上班，想必是留恋兵部吧？如果在兵部好，可不必再来军机处。程焘听到后立刻收拾铺盖准备走人，傅恒一看他真要走，就赶紧过来将他挽留住。
对能干的军机章京，军机处时常请皇帝免去他们原衙门的事务，专心在军机处办事。如乾隆四十四年，军机章京孙永清本已经升任刑部郎中，但他是军机处得力干将，军机处特意奏请将他升衔留任，并请将他刑部的事务免去，专心办理军机处事务。
作为帝国的最高机构，军机处之中机会多，风险也大，一着不慎，往往有性命之虞。军机大臣如此，军机章京们也如此。在军机处历史上，军机大臣、军机章京常牵涉进泄密案件。
虽然军机处做了诸多保密工作，但由于与原衙门的联系，加上官场千丝万缕的人际关系，军机处根本不可能做到绝对保密。军机处创设之后泄密事件屡屡发生，虽再三整顿也无济于事。军机处处理的事务，有很多是地方督抚也不知道的。京师、直隶、江南、浙江等地有些小官，与军机处工作人员串通，将不发抄给督抚的公文打探出，提供给督抚以博取欢心。为此乾隆特意下谕，斥责地方督抚严加查办。
军机大臣们多年经营，编织了密如蜘蛛网般的人脉。他们的这些人脉之中，很多是巨富之家。富商们常在河边行走，难免鞋要湿掉。春江水暖鸭先知，军机大臣们得到消息之后，自然要帮忙照顾。军机大臣裘曰修与盐商牛兆泰是亲家。牛兆泰被人控告后，裘曰修立刻修书联络地方大员，嘱咐帮忙照顾。乾隆得知后，认为“军机处行走之人，尤当以慎密防闲为要”，下令免去裘曰修军机大臣职务。
